广东药科大学档案馆是在广东药科大学综合档案室的基础上成立的。广东药科大学综合档案室前身是广东药学院文书档案室，设立于1985年10月，科级建制，隶属学院办公室领导。1990年3月，更名为综合档案室。随着学校规模扩大以及发展，综合档案室2006年升级为副处级建制，挂靠学校党政办公室，2018年6月，调整为独立的副处级教辅单位。2022年12月，综合档案室正式更名为档案馆。档案馆既是学校档案工作的职能管理部门，又是永久保存和提供利用学校档案的专门机构。档案馆各项工作由校领导分管，业务上接受广东省教育厅和广东省档案局的监督与指导。

档案馆核定编制5人，现有工作人员4人。以档案馆为主，校内各单位均配备了兼职档案员，现有兼职档案员90余人，形成校领导--档案馆--校内各单位兼职档案工作人员三级工作网络。

档案馆先后被广东省教育厅、广东省档案局评为“省特级档案综合管理单位”、“普通高等学校档案工作达标升级优秀单位”，多次获得省直档案工作年度评估“优秀”。

档案馆馆藏分为三个独立全宗和两个联合全宗，分别是：广东省广州卫生学校、广东省广州助产学校等联合全宗，广东省广州医士学校、广州市第一医士学校等联合全宗，广东省卫生干部进修学院全宗，广东省卫生学校全宗，广东药科大学全宗。设有党群、行政、教学、科研、财会、基建、出版、外事、仪器设备、声像、实物、人事12类档案。

档案馆恪守“服务至上”的理念，坚持为学校发展服务、为教学科研、党政管理等中心工作服务、为广大师生服务的宗旨，为学校高水平大学建设贡献档案力量。