广东药科大学档案馆馆藏分为三个独立全宗和两个联合全宗，分别是：广东省广州卫生学校、广东省广州助产学校等联合全宗，广东省广州医士学校、广州市第一医士学校等联合全宗，广东省卫生干部进修学院全宗，广东省卫生学校全宗，广东药科大学全宗。包括党群、行政、教学、科研、基建、设备、出版、财会、外事、已故、声像、实物共12类。广东药科大学档案馆馆藏丰富，截止到2024年底，保管自学校成立以来5万余卷又23万余件档案。