1985年10月，广东医药学院设立文书档案室，定为科级单位，隶属学院办公室领导，负责全校文书、教学档案归档、管理工作。学校档案工作由各部门分散管理走向由档案室集中统一管理。

1990年3月9日，根据国家教委《普通高等学校档案管理办法》的有关规定，结合学校的实际情况，学校领导研究决定，将原学院的文书档案室改为综合档案室（属科级建制），统一管理学校文书，教学、科研、基建、会计、出版、声像等门类档案。综合档案室归学院办公室领导和管理，由学院副院长杜淇璋分管。

广东省档案局于1998年颁发的“省特级档案综合管理单位”的牌匾，是对学校综合档案室专业性的认可和表彰。

2001年10月，广东省教育厅对学校在档案工作方面所取得成绩的认可，而颁发的“普通高等学校档案工作达标升级优秀单位”奖牌。

1992年，综合档案室被省档案局评定为省二级机关档案综合管理单位，是广州市珠江南岸高校中，第一间达标单位。1998年，经省档案局考核评审，学校被评定为省特级档案综合管理单位。2001年，又被广东省教育厅评为普通高校档案工作达标升级“优秀单位”。2004年，综合档案室所在的院校二组被省档案局授予“省直档案工作先进协作组”称号。

2006年，获“广东省高校档案工作优秀集体”的称号，并且根据粤档评函〔2006〕214号通知：经协作组检评、专家组评估，省档案局审核同意，综合档案室2006年度档案工作被确定为优秀等级。随着学校办学规模的不断扩大和领导对档案的重视，为加强学校档案管理，同年综合档案室升格为副处级单位。

此后，综合档案室在2007年、2010年、2013年、2017年省直单位档案工作年度评估考核中被评为优秀等级，在2008年、2009年、2011年成为档案年度考核免检单位，多次受到省档案局通报表彰。

2018年6月8日，学校印发《广东药科大学关于调整优化学校部分机构设置的通知》（广药大〔2018〕63号），综合档案室作为独立的副处级教辅单位设置。

2022年12月，学校印发《广东药科大学内设机构优化调整方案》，经新一轮机构调整，综合档案室更名为档案馆。档案馆作为学校档案工作的重要机构，负责收集、整理、保管和利用除学生、教职工人事档案以外的学校各类档案。